将来予測の実施関数

future_vpa(
  tmb_data,
  optim_method = "none",
  multi_init = 1,
  multi_lower = 1e-04,
  multi_upper = 10,
  objective = "MSY",
  obj_value = 0,
  obj_stat = "mean",
  do_MSE = FALSE,
  MSE_input_data = NULL,
  MSE_nsim = NULL,
  MSE_sd = NULL,
  MSE_catch_exact_TAC = FALSE,
  MSE_TAC_revise = NA,
  compile = FALSE,
  output_format = "new",
  attach_input = TRUE,
  SPRtarget = NULL,
  calc_SPR_year_name = NULL
)

Arguments

tmb_data: make_future_dataの返り値。将来の生物パラメータや再生産関係のシナリオを年齢×年×シミュレーション回数で指定した様々なarrayが含まれる。
optim_method: "none"の場合、通常の将来予測を実施. "R": 以下のobj関係の設定とあわせてMSYなどを探索する. "tmb"もあるが、限定した設定でしか使えない
objective: MSY:MSYの推定、PGY:PGYの値をobj_valueに入れる、percentB0:B0パーセント、何％にするかはobj_valueで指定, SSB:obj_valueで指定した特定の親魚資源量に一致するようにする
obj_value: 目的とする値
obj_stat: 目的関数を計算するときに利用する計算方法（"mean"だと平均、"median"だと中央値、"geomean"だと幾何平均）
do_MSE: 簡易MSEを実施するか
MSE_input_data: 簡易MSEを実施する場合、ABC計算するための将来予測を実施するための設定ファイル
MSE_nsim: 簡易MSEを実施する場合、ABC計算するための将来予測の繰り返し回数。
MSE_sd: 簡易MSEをする場合の加入変動の大きさ。ここをゼロにすれば決定論的な将来予測の値を得られる。その場合MSE_nsimは自動的に２に設定される。単純なモデルの場合、ここがゼロでも多分問題ない。モデル平均を使っている場合にはちゃんとした簡易MSEをすること。リサンプリングオプションの場合も使えない。
MSE_TAC_revise: 簡易MSE（do_MSE=TRUE）専用の、簡易的・試験的なTAC補正オプション。各シミュレーションで推定ABC（assessmentにもとづくexpect_wcatch）と真のABC（真のFで漁獲した場合の漁獲量real_true_catch）を比較し、片方向のずれだけをTACに反映する。NA=補正しない（既定）。1=推定ABCが真のABCより大きい（上振れ）simのみTACを真のABCまで引き下げる。-1=推定ABCが真のABCより小さい（下振れ）simのみTACを真のABCまで引き上げる。 make_future_dataで設定するHCR_TAC_adjustと目的は似るが次の点で異なる: (1)繰越・前借り（B&B）の機構を経由せず、繰越計算の後にexpect_wcatchを直接上書きする、(2)繰入・繰越率による上限がかからない、(3)future_vpa()の引数として与える（HCR_TAC_adjustはmake_future_data()でHCR_matに設定し、前借りの返却額を繰越枠の範囲内で調整する正規の経路）。なお本オプションは、TACの上方修正のみ・下方修正のみが行われた場合に結果がどうなるかを見る目的で試験的に追加されたもので、繰越枠を尊重する通常運用ではHCR_TAC_adjustを用いる。
SPR_target: 目標とする%SPR。NULL以外の値の場合、過去〜将来のそれぞれの年・シミュレーションが、目標とするF%SPRに対して何倍にあたるか(F/Ftarget)を計算して、HCR_realizedの"Fratio"に入れる。HCRが生きている年については"beta_gamma"と一致するはず。
max_F: 漁獲量一定方策を実施する際のF at ageの最大値の上限（将来的にはmake_future_data関数に入れたい)
max_exploitation_rate: 漁獲量一定方策を実施する際のMを考慮した上での漁獲率の上限（将来的にはmake_future_data関数に入れたい)