再生産関係をプロットする関数

再生産関係をプロットする関数

plot_SR(
  SR_result,
  refs = NULL,
  xscale = 1000,
  xlabel = "千トン",
  yscale = 1,
  ylabel = "尾",
  labeling.year = NULL,
  add.info = TRUE,
  recruit_intercept = 0,
  plot_CI = FALSE,
  CI = 0.9,
  shape_custom = c(21, 3),
  box.padding = 0,
  add_graph = NULL,
  last_year_color = 0
)

Arguments

SR_result

fit.SRの結果のオブジェクト

refs

管理基準値 (list(Blimit=0, Bmsy=10, Bban=0))

last_year_color

最終年何年かのプロットの色を「赤」に変更する。０だと変更しない、正の整数を与えるとその数分だけプロットの色が変わる

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
  data(res_sr_HSL1)
  plot_SR(res_sr_HSL1)
  plot_SR(res_sr_HSL1, refs=list(Blimit=20000, Bmsy=60000, Bban=0),
          recruit_intercept=100, plot_CI=TRUE)

  SRdata2 <- res_sr_HSL1$input$SRdata %>% as.data.frame()
  SRdata2$weight <- 1
  SRdata2$release <- 100 # 放流データがある場合
  SRdata2$weight[length(SRdata2$weight)] <- 0 # 最後の年をフィットに使わない設定
  res_SR2 <- fit.SR(SRdata=SRdata2, method="L1", AR=0)
  plot_SR(res_SR2)
} # }