VPAの感度分析のための関数

do_sensitivity_vpa(
  res,
  what_replace,
  value,
  what_plot = NULL,
  ncol = 5,
  plot_year = NULL,
  scale_value = NULL
)

Arguments

res

VPAの結果のオブジェクト

what_replace

感度分析の対象。"M"(自然死亡係数), "maa"(年齢別成熟率), "waa"(年齢別体重), "waa.catch"(漁獲物の年齢別体重), "alpha"(+グループA歳とA-1歳の漁獲係数の比), "tuning"(最終年の漁獲係数の扱い), "lambda"(リッジVPAのペナルティ),"est.method"(推定方法), "b"(hyperstability/depletion)から選べる。

value

感度分析の対象の値。ベースケースの結果に一定割合をかけたい場合はnumeric型("M", "waa", "waa.catch", "alpha"で使用可)、ベースケースの結果とは異なる表を入れたい場合はlist型にmatrix型を("maa", "waa", "waa.catch"で使用可)入れてください。"tuning"を選んだ場合、資源量指数を用いていないVPA結果なら、tf.yearの期間を入れること。

what_plot

作図したい項目を選べる。引数を与えない場合(NULL)、全て(SSB, biomass, U, catch, Recruitment, fish_number, fishing_mortality, weight, maturity, catch_number)をプロットする。

ncol

作図の列数。標準で5列なので、what_plotの数が5以下の場合は適宜変えた方がよい。

Value

返ってくる値:

result 感度分析の結果がlist型式で得られる。

graph 図が得られる。

Details

"M"(自然死亡係数): valueにはベースケースの結果にかけたい割合をnumeric型で記述のこと。

"maa"(年齢別成熟率): valueにはベースケースと同じ行列数のmatrix型で記述のこと。

"waa"(年齢別体重), "waa.catch"(漁獲物の年齢別体重): valueにはベースケースの結果にかけたい割合をnumeric型、またはベースケースと同じ行列数のmatrix型で記述のこと。

"alpha"(+グループA歳とA-1歳の漁獲係数の比): valueには仮定したい比率をnumeric型で記述のこと。

"tuning"(最終年の漁獲係数の扱い): resの計算方法に応じてvalueに入れる値が変わる。 チューニングしていないVPAの場合、感度分析も同様にチューニングしないVPAを異なるターミナルFの仮定で行う。valueは仮定したいtf.yearlist型で記述のこと。 全F推定の場合、感度分析では選択率更新法を行う。valueは仮定したいtf.yearlist型で記述のこと。 選択率更新法の場合、感度分析では全F推定を行う。valueは入力不要である。 リッジVPAの場合、感度分析では異なるlambdaでの解析を行う。valueは仮定したいtf.yearlist型で記述のこと。

"lambda"(リッジVPAのペナルティ): valueは与えたいlambdaをnumeric型で記述のこと。

"est.method"(推定方法): valueは入力不要である。

"b"(hyperstability/depletion): bを推定した場合、bを推定しない(b=1)の感度分析を行う。 bを1以外の値で固定した、あるいはbを考慮しなかった場合、value="b.est"とするとbの推定を、仮定したいbをlistで与えるとbを固定して考慮出来る。

See also

vpa計算について: vpa 作図について: plot_vpa https://ichimomo.github.io/frasyr/articles/Diagnostics-for-VPA.html

Author

濵邉昂平, 市野川桃子