fit.SRregimeの結果で得られた再生産関係をプロットするための関数

レジームごとの観察値と予測線が描かれる

plot_SRregime(
  SRregime_result,
  xscale = 1000,
  xlabel = "SSB",
  yscale = 1,
  ylabel = "R",
  labeling.year = NULL,
  show.legend = TRUE,
  legend.title = "Regime",
  regime.name = NULL,
  base_size = 16,
  add.info = TRUE,
  themeSH = FALSE,
  last_year_color = 5
)

Arguments

xscale

X軸のスケーリングの値（親魚量をこの値で除す）

xlabel

X軸のラベル

yscale

Y軸のスケーリングの値（加入量をこの値で除す）

ylabel

Y軸のラベル

labeling.year

ラベルに使われる年

show.legend

凡例を描くかどうか

legend.title

凡例のタイトル（初期設定は"Regime"）

regime.name

凡例に描かれる各レジームの名前（レジームの数だけ必要）

base_size

ggplotのベースサイズ

add.info

AICcやregime.year, regime.keyなどの情報を加えるかどうか

resSRregime

fit.SRregimeの結果

use.fit.SR

パラメータの初期値を決めるのにfrasyr::fit.SRを使う（時間の短縮になる）

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
data(res_vpa)
SRdata <- get.SRdata(res_vpa, weight.year=1988:2015)
resSRregime <- fit.SRregime(SRdata, SR="HS", method="L2",
                            regime.year=c(1994,2003), regime.key=c(0,1,0),
                            regime.par = c("a","b","sd")[2:3])
g1 <- SRregime_plot(resSRregime, regime.name=c("Low","High"))
g1
} # }